这个要看你的具体情况和需求了。
3.0的优势仅仅是速度快一些。
2.0的优势是便宜。做U盘系统对于电脑小白来说还是有些麻烦的，所以能做好一个，最好是作为长期使用，存放着以后备用，所以这个U盘就不方便用作其它用途了，从这方面来说，用2.0的划算一些，因为2.0便宜。这是其一。
其二是，既然你要长期使用，那么你可能会遇到各种各样的电脑，包括没有3.0接口的电脑，那么这时候你其实只能用2.0的速度。
其三是，3.0口需要驱动支持，有时候会遇到新机没有驱动，或者驱动不稳定的情况。相对来说2.0就稳定一些。
首选exFAT。制作PE，新买U盘移动硬盘分区都建议用exFAT。
格式化成什么格式，这个只要了解这3种格式的特点就好选了。
1：FAT32
FAT32这种FAT格式，因为发展较早，所以通用性很高，各种操作系统都支持FAT。但是同样地，由于FAT起源较早，它没有办法较好地支持后来出现的新技术，甚至不支持单个大于4G的文件，这一点非常致命，早期制作U盘PE，安装的系统也比较单一，XP,win7系统而且万能驱动包也比较小，可见分区格式化成FAT32没什么问题。但是现在已经不行了，驱动包，系统镜像动辄5G-6G，FAT32已经不能满足需求了。所以分区不能格式化为FAT32，很多PE制作程序已经去掉了FAT32这个选项了。
2：NTFS
随着WINDOWS系统的发展NTFS格式逐渐成为win系统主流文件格式，NTFS拥理论上可以支持大到16000GB的存储空间（单文件），远远大于一般用户所需要的文件大小，它不仅大，而且快。因为其使用日志系统，所以对于文件的读写，储存，压缩都比FAT快得多，如果你制作的U盘PE只是自用WINDOWS主机上使用，或者是维护win系统电脑较多，可以把U盘可见分区格式化成为NTFS格式，这个格式还很好用。
3：exFAT
随着FAT32的力不从心，WIN发展了NTFS，MACOS发展了APFS，这两种文件格式互不兼容，这个时候EXFAT出现了，这个格式支持WIN、LINUX、MACOS方便在各个系统之间拷贝文件。如果是电脑维护工作者，建议PE可见分区格式化为exFAT,维护win系统也好还是给MAC装WIN系统exFAT格式在两种系统下都能读写，极大方便了数据传输，做系统维护工作也更加轻松。
我建议使用NTFS格式，稳定、兼容性好，windows和Linux都能识别。